『マダガスカル』シリーズの人気キャラクターを主役にした劇場版スピンオフアニメ。悪の権化オクト博士の陰謀に“ペンギンズ”が挑む。
動物たちが活躍する人気アニメーション『マダガスカル』シリーズに登場する、体は小さいけどとびきり優秀なスパイ集団“ペンギンズ”が主人公になったスピンオフ。テレビアニメにもなった同作の映画版で、世界中のペンギンに復讐しようとするオクト博士に追われ、チームワーク抜群なはずのペンギンズが大ピンチに。また、ペンギンズの過去も明らかになり、アクションも笑いもたっぷり詰まった大冒険が繰り広げられる。

勇敢な隊長、分析家コワルスキー、やんちゃなリコ、そしてかわいさ抜群の新人からなる超優秀スパイ集団“ペンギンズ”は、今日も息ぴったりで極秘ミッションに取りかかっていた。だがそこへ、動物園で人気をかっさらっていったペンギンたちを逆恨みする極悪タコのデーブが現れる。人間のオクト博士に変身したデーブによる、世界中のペンギンたちへの復讐計画を知ったペンギンズは、計画を阻止する特別任務を遂行しようとするが…。