４人の忍者カメが活躍するアメコミ原作のＳＦアクションの続編。新たな強敵が出現し、最大の危機を迎えたタートルズたちの戦いを描く。
突然変異で生まれた４人の忍者カメ“ミュータント・ニンジャ・タートルズ”の活躍を描く、アメコミ原作のＳＦヒーローアクションの続編。前作に引き続きマイケル・ベイが製作を務め、ヒロイン役のミーガン・フォックスらキャストも続投。新たな仲間としてドラマ『ＡＲＲＯＷ／アロー』シリーズのスティーヴン・アメルが参戦する。宿敵シュレッダーに加え、悪の帝王の登場で危機を迎えたタートルズが今度は世界を舞台に暴れまくる！

レオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロの４兄弟からなる“ミュータント・ニンジャ・タートルズ”。彼らの宿敵シュレッダーが、マッドサイエンティストのストックマン博士とその子分たちの協力で脱獄を果たした。ＴＶレポーターのエイプリルと共にシュレッダー打倒に立ち上がるタートルズ。さらに異次元から地球制服を企む悪の帝王クランゲの脅威も迫る中、固い絆で結ばれていたはずのタートルズに分裂の危機が訪れる。