ネズミのスチュアートの冒険と活躍を描いた大ヒットファミリーコメディの第２弾。新たな友人“小鳥のマーガロ”との友情を描く。
人間の家族の一員となったネズミのスチュアートの冒険と活躍を描いた大ヒットファミリーコメディの続編。今作では、新たな友人“小鳥のマーガロ”との友情やリトル家に誕生した妹との確執が描かれる。ロブ・ミンコフ監督やリトル夫人を演じたジーナ・デイヴィス、スチュアートの声を担当したマイケル・Ｊ・フォックスなど、前作からおなじみのスタッフやキャストが続投。細部にこだわったＶＦＸ表現も前作から進化している。

リトル家の一員として平穏な毎日を送るネズミのスチュアート。兄ジョージとともに通う学校での生活をそれなりに楽しんでいるスチュアートだったが、家では両親が新しい家族である赤ちゃんのマーサにかかりきりで、少し寂しさを感じていた。そんなある日、スチュアートは傷ついて空から落ちてきた小鳥のマーガロと出会い、意地悪な鳥のファルコンから彼女を助け出す。そして、マーガロをリトル家で介抱していたスチュアートは、今までに感じたことのない不思議な感情を抱き始めるのだった…。